L’école a traversé trois siècles, elle sera maintes fois mises en situation périlleuse mais elle repartira plus brillante que jamais.

Tout d’abord, plantons le décor. Une ancienne léproserie au lieu dit la Maladière entre le château de Virieu et Notre Dame de Pélussin ou on rencontre une Clémence Munière lépreuse en 1375. Un industriel de la soie Benäy qui à la faveur de la contre réforme construit la chapelle de la Sainte Croix en 1587. Puis enseuite, une famille, les Jullien de Pommerol propriétaire des terrains et des murs vont aider l’école.

Enfin, une sacrée promotion de séminaristes en 1816 au grand séminaire de Lyon, Jean Marie Vianney, Jean Claude Courvieille, Jean Claude Callin et Marcellin Champagnat, ce dernier va fonder les petits frères de Marie et à la demande du Curé et du Maire de Pélussin va installer le 1er novembre 1835 l’école communale.

Le contexte politique et social est difficile que ce soit la guerre des clochers à Pélussin ou les lois de laïcisation sans cesse plus restrictives qui menacent les congrégations, deux républiques, un empire, la guerre de 1870. Malgré tout l’école s’agrandit en 1860. On rajoute un bâtiment en prolongement de la chapelle, un préau est crée en 1900, une partie supplémentaire au bâtiment précédent en 1909, puis on surélève le dortoir en 1910.

L’école cesse d’être école communale en 1878 et ré-ouvre comme école libre avec 150 élèves.

La Loi Combe interdit aux frères d’enseigner. L’école ré-ouvre le 1^er décembre 1903 avec des professeurs en costumes cravates. Les frères se sont sécularisés, s’ensuit réunions, manifestations, procès, etc. Rien n’y fait l’école poursuit son chemin et en 1913 construit un nouveau bâtiment. Celui-ci fera un bref emploi d’Hôpital auxilliaire pour la 13^ème région militaire de Clermont-Ferrand.

Le pensionnant Saint Jean Baptiste draine des élèves de toute la région et l’amicale des anciens de Péage Roussillon et de Pélussin a des sections actives à Lyon, Givors, Vienne, Le Péage. Le collège fête son 100^ème anniversaire en 1935.

La seconde guerre mondiale arrive et le collège se trouve à gérer les contradictions de l’époque. Les enfants souvent issus des villes affamés ont une alimentation correcte au collgèe grâce à une proximité rurale et la complicité des paysans du Pilat. Il faut censurer les lettres aux parents qui racontent ces agapes.

Le message de l’Etat français « Travail, Famille, Patrie », la place redonnée aux congrégations tout cela séduit les catholiques mais n’empêche pas à des internes ou des adultes de venir se cacher dans l’Institution.

L’après-guerre voit la poursuite de l’action des frères mais le monde change avec les trentes glorieuses et l’école s’essoufle.

A nouveau, il faut réagir et en 1969 est mise en place la mixité : l’école des frères devient collège et l’école des soeurs devient primaire. Saint Jean ré-ouvre avec 155 élèves. Début des années 70, elle franchit la barre des 200 élèves, elle construit le gymnase en 1972. Avec la réfolrme Haby, elle construit le Laboratoire de physique, l’atelier dd’éducation manuelle et technique, elle a 300 élèves à la fin des années 70.

L’école fidèle à l’oeuvre de Marcellin Champagnat s’occupe aussi des élèves en difficultés et après les classes de transition ouvre une classe préprofessionnelle de niveau en 1983. 1984, mise en place du self-service de la cantine.

Mais l’ombre des nationalisations plane sur les écoles catholiques en 1984. De grandes manifestations drainent des centaines de personnes au Puy, Lyon et le point culminant à Paris avec 1 000 000 de personnes.

En 1985, l’école fête en grande pompe le 150^ème anniversaire et inaugure à l’occasion la Rue Marcellin Champagnat. L’école change d’adresse sans changer de lieu. La réforme des collèges de 1986 amène la construction d’un grand bâtiment en 1987 qui comprendra un dortoit pour les filles qui font leurs débuts d’internes ainsi que leur foyer, une salle de musique, une salle de technilogie pour les nouvelles technologies électroniques et informatiques, une salle d’étude et un centre de documentation et d’information.

En 1989, l’internat des grands est réhabilité en chambres dans le cadre de la réfection des dortoirs.  En 1990,  sont créées des classes de 4ème et 3ème technologiques. L’école atteint son plus haut niveau avec 17 classes et 372 élèves.

Le XXème siècle s’achève dans la tourmente par la fermeture de l’internant des filles, des classes technologiques et de l’internat de garçon. L’école a à ce moment 120 élèves. Mais rapidement l’école remonte à 180 élèves.